“至於第二個問題，體系比較大，複合物本身加上溶劑殼層，得跑全構象動力學，時間會長一點。”
“大概要多久？”
“第一個問題今天下午能出初步結果，第二個問題得跑一晚上，明天早上才能看到資料。”
豐慶陽跟朱千翼對視了一眼，兩個人都是一臉懵。
肖宿說的話咋不像真的呢。
以前用經典分子動力學算這種東西，光是搭模型跑平衡就得十天半個月，還不一定收斂，他們以為量子計算頂多能提前幾天，結果肖宿告訴他們，下午就能出結果！跟做夢似的。
實驗開始之後，豐慶陽和朱千翼搬了把椅子坐在操作檯側面，一眨不眨的盯著全息投影裡那團旋轉的結構看。
羅清華在旁邊操作引數，柯東盯著光路的執行狀態，肖宿偶爾出聲提醒兩句。
第一個問題的結果比預想的還快。
三個多小時之後，全息投影上重新渲染出了工程菌內部通路的組裝模型，輔基結合位點和核心酶二聚體介面的匹配關係清清楚楚地浮在空氣中，哪一步的能壘最高、哪兩個殘基的相互作用最強，一目瞭然。
朱千翼湊到投影跟前，伸手在輔基分子的位置撥了一下，系統立刻在旁邊彈出一行能量變化的數值。
他愣了一下，又撥了一下，數值跟著就變了。
“這個能即時反饋？”他轉頭看著柯東。
“力反饋還沒做完，現在只能顯示能量數值，再過一版就能做到撥的時候手上能感覺到阻力了。”柯東說。
“那也夠用了。”朱千翼把全息投影轉了個角度，盯著那個能壘最高的步驟看了好一會兒。
“老豐你看，輔基這邊卡得死死的，酶和輔基之間的氫鍵網路只形成了一半，缺一個關鍵的橋接水分子。”
“如果我們在發酵體系裡把水活度調低一點，說不定能逼著這個水分子留在原位。”
豐慶陽湊過去看了看，點了點頭，又搖了搖頭。
“水活度調低確實能壓住這個位點，但是，你把整個體系的水活度降下來，其他步驟的活性也得跟著掉。”
“得想個辦法只在這個區域性做手腳才行。”
“你說的有理，只是……區域性改的話，最直接的辦法是定點突變，把入口殘基換掉。但問題是咱們不知道換成什麼。”
“換大了，入口堵死，輔基進不來；換小了，入口太鬆，水分子還是留不住。得找一個恰到好處的側鏈體積才行。”
豐慶陽拿手指在投影上虛虛地比了一下，說道：“光靠側鏈體積也不夠吧。”
“你看這個入口的朝向，它跟輔基的進入路徑之間有個夾角。”
“光把位阻降下來沒用，輔基進來的方向不對，水分子該跑還是跑。得把入口的幾何形狀一起考慮進去。”
“那不就是雙變量了？”
朱千翼皺起眉頭，“側鏈體積一個變數，入口幾何一個變數，兩個變數攪在一起，憑經驗試錯得試到什麼時候去。”
“要是能算出來就好了，可這個尺度的構象搜尋，經典方法跑一個突變體就得幾天……”
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